邵峰院士分享科研经历:读博时也曾想放弃,因课题一年多无任何实质性进展!

邵峰院士分享科研经历:读博时也曾想放弃,因课题一年多无任何实质性进展!

科研小助手 内地男星 2020-12-08 23:09:31 384

12月3日下午,西湖大学学术报告厅内又一次人头攒动,求是西湖大讲堂首度开讲。首讲嘉宾是邵峰博士,北京生命科学研究所资深研究员、2019年度“求是杰出科学家”得主。

这一次,他与西湖师生分享的是细胞焦亡和机理的科学发现,并特别讲述了两个关于自己和学生的小故事。看似仍在说科研,透露的却是他对人生的思考和领悟。而这,恰是求是西湖大讲堂想要传播和传承的精神和文化。


邵峰


1

意外!非常成功的PhD中间却曾想要quit

关键词:坚持


我在密西根大学读的博士,3年零8个月答辩,发了一篇Cell文章,后来又发了一篇Science文章,但这个并不重要。重要的是想告诉大家,在这个过程中其实我曾经想quit,因为觉得自己做不下去了。


事情是这样的,轮转结束后,导师给我安排了一个课题,做了几个月之后我实在不感兴趣那个研究方向,就自己找了一个课题,研究耶尔森菌分泌的一个效应蛋白的功能和机制(后来知道,那个课题有两个博后做过,都失败了)。没日没夜的做,一年多了没有任何实质性进展。于是非常担心五年后答辩怎么办,什么数据都没有,到时候站在台上怎么答辩?那种结果是我无法面对的,于是就想quit,避免面对未来的失败。不是我不想做科学了,而是实在担心自己无法完成一篇至少还说得过去的博士毕业论文。


为什么想quit两个原因,一个原因是我以前的学业太顺了,所以现在一年多没进展就受不了。其实博士研究期间一年多没进展太正常了,所以说总成功也不是一件好事,会让你失去耐心,不敢面对失败。另一个原因是感觉继续做下去也是hopeless,导师年资太高,太忙,实验室大都是博士后,没有人可以具体指导和帮助我,非常无助,前面看不到亮光。


后来在导师的开导和鼓励下,我还是坚持了一下,幸运的是两个月之后就有了比较突破性进展,后来就很顺了。我后来回想起来,如果那两个月还没有进展会怎么办,人生有时候很难说,我真的可能会quit,因为在那个年龄阶段很不成熟。做科学最重要的还是要坚持,这是对我后来很有帮助的,我们实验室很多课题都是做了好多年才突破的,也有课题做了10年没发文章还在继续做的



2

发文章重要吗?

事实上,
我们要去考虑的是发什么内容的文章,
研究和发现过程能给我们带来什么。

很多同学都觉得发文章很重要,发文章确实很重要。下面我再给大家分享我的一个学生的经历。我们实验室的博士研究生许悦同学去年发了一篇Cell文章,关于细胞自噬通路是如何感知和识别细菌的,有点自豪的说,那是一篇史诗级的论文,工作极其完整和有深度。


在我们实验室,一项完整的研究工作往往有两个或者三个关键节点需要突破;现在回看,许悦同学的这个工作可能有四个节点,前面花了四年左右的时间,突破了三个节点,虽然已有的工作已经足够发一篇不错的文章,完成博士毕业,但整个story最后一环扣不上,使得文章结论的说服力打了折扣。这个时候,许悦同学已经是博士5年级结束了,怎么办?是选择就做到这儿算了(但文章可能会受到审稿人的批评和质疑)?还是继续努力把剩下的问题解决了,使整个研究有个完美的收尾?


选择后者,还需要多长时间,最终能否解决,是完全不能预期的。我跟许悦说你自己决定吧;好在许悦的性格里也有种不甘心和不服输的特征,她一边把已有的工作整理成文,一边又继续想各种办法,做各种尝试,又花了近两年的时间,最终终于突破了,拿到了令人振奋的结果,终于把这个story的最后一环也扣上了。

对许悦同学而言,她可以把那个不完整的story发表一篇不错的文章,也足够毕业,但是我认为,这样对她未来的科研职业发展来说会是一个阴影,因为自己曾经是一个失败者,特别想解决的问题没能够解决,退缩了。但后来她又坚持做下去,最终把这个问题解决了,无论最后文章是否发表在Cell杂志上,对她来说这个经历本身就是一笔很大的财富。

作为博士研究生,最重要的不是把文章发在顶级期刊上,而是你克服了什么样的困难,战胜了多大的挑战,这是你最大的财富,在今后碰到困难时,会给你很大的信心。

科学研究到了一定的阶段,发顶级文章是带不来满足感的。什么能给我们带来满足感呢?一方面是科学发现本身的创新性;另一方面则是战胜科研中的挑战。我们在选择转入一个新的领域的时候,不仅会思考这个领域是不是有新的重要的东西可以被发现;另一方面也会去感觉这里面的难度,挑战越大则会觉得越有吸引力。


如何选择课题方向?能否意识到miss掉的机会及其原因?如何构建一个好的“科研品味”……邵峰博士不断为在座的年轻人答疑解惑。

事实上,在场有很多西湖师生并不在生命科学领域工作,也有很多并不是科研人员,他们纷纷到场,未曾离席,因为邵峰博士分享的人生经验有其共性,殊途同归。

坚持我的坚持,勇敢迎接挑战,当每一位西湖人站在人生的十字路口张望时,这些前辈们的经验和故事,也许能帮助你走出一条属于自己的路。

               科研+

《细胞焦亡,炎症与肿瘤免疫》



在讲座开始前,邵峰博士问了两个最简单的问题:细胞为什么要死?决定细胞是否、如何死亡的关键因子是什么?带着这两个问题的思考,西湖师生很快进入了邵峰博士的精彩报告中。

上世纪80年代,在细菌毒素处理后的巨噬细胞中,人们观察到了细胞焦亡这个现象,但长期以来人们对这种细胞死亡的性质并不清楚,很长时间内研究者一直误认为这是一种特殊的细胞凋亡。邵峰博士解释道,事实上,细胞发生凋亡时,细胞膜是维持致密性,细胞内容物不会泄露出来,不会有炎症反应。细胞凋亡在免疫学上不仅是沉默的,甚至是抑制性的;相反,发生焦亡的细胞吹泡涨大,细胞内部的物质和分子就会泄露出来,诱导机体产生很强的炎症反应。所以焦亡和凋亡在形态和生物学功能上都是截然相反的,早期的研究似乎又显示这两种细胞死亡都和caspase有联系。

Caspase全称为含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶,这个家族中,有很多成员在细胞焦亡过程起着关键作用,例如caspase1caspase11,那么它们是如何让细胞发生焦亡的?

邵峰团队利用当时刚刚发明的CRISPR基因编辑技术,对小鼠的巨噬细胞进行了全基因组筛选,找到了执行细胞焦亡的gasdermin DGSDMD)蛋白分子GSDMDcaspase-1以及胞内LPS的免疫受体caspase-4/5/11所识别和切割,进而释放出其N端结构域的膜打孔活性,导致细胞胀大直至细胞膜破裂。

关于GSDMD这个蛋白分子,邵峰博士补充道,GSDMD代表的gasdermin家族(GSDMABCDE)均具有膜打孔活性,但不同家族成员的激活方式不同。他们团队还发现GSDME能被caspase-3特异性切割,进而将DNA损伤以及死亡受体通路激活caspase-3导致的细胞凋亡转换为促炎性的焦亡。该团队最新的工作还发现,细胞焦亡具有非常强的抗肿瘤免疫活性,并且,肿瘤细胞中的GSDMB蛋白可以被来自毒性淋巴细胞的颗粒酶Agranzyme A)所切割而活化,说明焦亡也是肿瘤免疫的效应机制。

邵峰团队的这些发现颠覆了之前人们对caspase和细胞凋亡之间关系的理解,进而重新定义了细胞焦亡的概念,揭示细胞焦亡的决定因子是gasdermin家族打孔蛋白,另外,这些研究成果也说明发生细胞之所以发生焦亡(而不是凋亡)是由于诱导炎症和活化免疫系统的功能需求。



邵峰


邵峰博士1996年毕业于北京大学技术物理系,1999年于中科院生物物理所获得硕士学位,2003年于密西根大学生物化学系获得博士学位,现为北京生命科学研究所资深研究员、科研副所长。


邵峰博士发表多篇具有重要影响力的学术论文并获得多个重要奖项,包括未来科学大奖、求是杰出科学家奖、HHMI国际青年科学家奖、国际蛋白质学会鄂文西格青年科学家奖、谈家桢生命科学成就奖、吴阶平-保罗杨森基础医学奖以及何梁何利科学与技术奖等,并于2015年当选为中科院院士和EMBO的外籍成员,2016年当选为美国微生物学院会士,2019年当选为德国国家科学院院士。

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