平常身边围绕着很多做实验的旁友，所以自从开始写公众文就有意识地问一些他们的想法，amazing，不约而同的大部分都与画图相关，嗯大约就是很羡慕生信可以噼里啪啦几行代码把图做得很酷炫。
继而采访了下大家使用的作图软件，交集最多的就是人手必备的Excel神器，其次是R语言，然后就是一些因校而已、因人而异、因钱而异的Origin、Tableau等等。
Excel在生物作图界还是拥有着不可撼动的霸主地位的，其中的各类函数基本可以玩转所有小批量数据，数据透视表和vlookup命令绝对是让人心动的存在。其作图功能也可以满足基本的作图需求（各类图形+拟合功能），并且字体、颜色等等都调节方便。
但是前边也说了excel对于大批量数据有着很不友好性，大约100w以上的条目就GG了；同时它也不能绘制很多生物里比较经典的热图啊、维恩图等；更多的时候，如果你数据换了一下很有可能数据要重新处理，图就要从头调起，多次的重复性劳动可能会让你怀疑人生……
然后就是在生信界非常吃香的R语言了。R在统计和绘图方面有着绝对的地位，一方面表现在它是开源免费的，另一方面它上提供的各种包和命令能让你体会到初恋般的感觉！热图、ROC曲线、维恩图都有现成的包，大多可以直接绘制；火山图这种连包都不需要。
在这里就不得不提到ggplot2这个神奇的绘图包的存在，用师兄的话来说：“它简直可以自成一门语言了！”网上可以查到它绘制的很棒棒的图，以下挑选了我觉得比较常用的一些：
随意比较下普通绘图和ggplot2的裸奔图：
我个人觉得就像两个颜值底子不同的人，比如素颜的凤姐和范冰冰，同样要达到仙女级别的话，显然凤姐就需要抹更多的化妆品，修饰的东西需要更多。
对于有代码恐惧症的人来说，R不是个友好的存在，因为你想实现一个额外的东西可能调参就要调半天；但是你要坚信这种血泪的尝试绝对是有限次的，R的存在真的是超级灵活，并且大大降低了劳动的重复性，只要代码不丢，修修补补还能给你画出一样满意的图来，甚至未来还能拆来用。所以很建议大家抽空学习一下啊！
Origin是我本科物理实验要求用的软件，大约因为是windows的环境，上手也简单的缘故。主要靠点点点，整体来说它作图的风格就比较中规中矩。可以给大家看一下：
如果你精通破解软件或者不在意花钱，非常建议Tableau，也是windows环境，但是是商业软件（个人版35刀每月），不过有免费试用时间（大约14天）可以尝尝鲜。只要有Excel基础就能很快上手，官网还会有一套专门培训的视频，小白基本一两天也就能玩通了。个人觉得可视化效果不能更良心（比ggplot2的效果更胜一筹）！
当时迷上了里边地图的那一模块，可以给中国每个省份标GDP啊，还可以用不同颜色标记等等，脑子里就在幻想可以用它做什么植物地图啊、微生物地图啊之类的一定酷毙了。（R也能做这个，但估计比较麻烦，然额我不做这个……）
那有了这么多丰富强有力的工具，那到底怎样作图才能得到大家的认可呢？很多杂志都是出了名的爱看图，图丑的基本上就秒拒了，所以怎样才能保证自己的图能不踩雷区呢？
其一，明确图的意义何在。有些人秉承着图>表>文字的执着信念，无论什么结果都爱贴图，反而拉低了整体文章的一个可阅读性。你的图是需要围绕着中心论点进行的，一定意义上把控着你文章的方向。请问问你自己你的图真正说明了什么，是否能为你的论点服务？
其二，选择合适的展示方式。你想展现趋势可以画折线图，你想展示分布可以用箱形图、直方图，你想展示占比可以用饼图……请一定明确自己的结果适合怎样的展示方式！
我记得有次看到个例子，是展示一个富集分析的结果，需要展示出通路名称、查询基因中属于该通路的基因数、Rich factor（查询基因中属于该通路的基因数/这个通路中所有基因数）和富集的Qvalue值。如何展示这么多维的数据还能做到清晰明了？创意性的气泡图，大约如下：
充分利用了元素的本身性质（大小、颜色等）来展现自己的结果。当然这需要有比较强的经验和积累，大家可以多关注一下自己课题相关文献中的图。
其三，选择合适的配色。一般来说ggplot2里的配色是自动的，其配色已经深得我心了；R里边还有一个RColorBrewer的包，同样里边的颜色要比默认的颜色好看很多。我有时候是自己去各种配色网站上找合适的颜色，然后记下RGB号，再手动调的，励志于自己动手丰衣足食的朋友可以尝试一下。
还有就是要注意用色饱和度不要太高（想想于正的电视剧你会不会瑟瑟发抖）；文章里的图最好都是一个色系和色调，千万不要这边花红柳绿、色彩斑斓，那边朴素安静、清清冷冷，最好的办法就是用固定的几种颜色结束战斗。
其四，注意文字在图片中的占比。有些图做得非常漂亮，但是坐标轴的字和图例却缩得一小团根本看不清啊！所以在作图的过程中，一定要注意图中文字的大小，不要忽视他们在图中的重要性。
最后给大家推一本书吧《ggplot2 Elegant Graphics for Data Analysis (use R)》，祝大家新的一年都能画出精彩漂亮的图，文章滚滚来~~
生信人R语言作图入门，春节特惠中。
领券50元，通过学习10多种常见图形绘制，彻底提升自己R技巧。
欢迎关注生信人
点击以下「关键词」，查看往期内容：
TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 | 基因家族 | Pvalue
基因预测 |bestorf | sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图
生信不死 | 初学者 | circRNA | 一箭画心| 十二生肖 | circos
舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 | 进化 | 测序简史
感谢您的支持鼓励，我会继续努力的!
文章地址：
用户邮箱：
打赏金额：USDT
点击”去打赏“，即可进行打赏支持本文章哦
